提到细菌，多数人首先想到的是细菌会让我们生病，引起感染等。其实并不是所有的细菌都是有害的，我们与肉眼看不见的微生物生活在同一个世界。当我们免疫功能正常时，有些微生物对我们无害，有些微生物对我们有利，甚至有些微生物还是我们的“伙伴”，这些“安分守己”的微生物就是正常菌群。

这些生活在肠道中的细菌既非有害，也非多余，它们显然非常理解“双赢”的道理。首先它们能够抑制外来病原微生物，外来病原微生物要想在人体内“捣蛋”，就必须先在人体内找到立足点。因为正常菌群已经占据了肠道内的生存空间，外来病原微生物要找到立足点，就必须要和体内原有的菌群进行竞争，但大部分情况下都是这些外来病原微生物败下阵来。我们肠道内的正常菌群以逸待劳，自然很容易打败外来的“入侵者”，从而起到抵御外来病原微生物的作用。肠道内的细菌，只要不“捣蛋”，就都是“良民”，人体应与其和平共处，若乱用抗生素则可能造成肠道菌群失衡，外来病原微生物就有可能趁机“作乱”。

另外，我们体内的正常菌群还能合成一些人体需要的营养物质，如维生素K、维生素B等。此外，肠道微生物还有调节人体免疫力、降解食物中亚硝胺等致癌物质的作用。正常的肠道菌群，为了改善自己的“居住环境”（也就是人类的肠道），会将分解的短链脂肪酸滋养肠壁细胞，促进肠壁细胞的生长和更替，让受损的肠黏膜更快地得到修复。除此之外，肠道菌群能产生类胡萝卜素类物质，对降低动脉硬化和卒中的风险有益；还能通过与淋巴系统“交流”，降低对食物的过敏反应。

最新研究发现肠道菌群的功能远超我们的想象，例如多种常见疾病，如糖尿病、阿尔茨海默病、过敏、炎症性肠病等，均与肠道菌群有关，甚至饮食喜好都与肠道菌群有关。一定程度上甚至可以说，肠道菌群用我们无法察觉到的形式，影响甚至决定人类的一些行为、喜好和健康。越来越多的研究结果显示，肠道菌群真正的意义还远不止于此。